少量の便をスライドグラスに塗抹して、顕微鏡で観察します。顕微鏡の視野内を動いている棒状の菌(桿菌)やラセン状の菌(キャンピロバクターの可能性有り)、動きは無いが黒い粒が有る芽胞菌(クロストリジウムの可能性有り)が多数認められ、下痢をしている場合は、下痢止めの薬と抗生物質の内服治療をおこないます。細菌に異常は認められ無くとも細菌性下痢の可能性は有るため治療の反応が悪い時や、便に白血球が多数認められる場合は抗生物質の投与を行う場合があります。